El territorio de Fuentespalda fue dado por Alfonso II el 24 de julio de 1175 al Arzobispo de Zaragoza, D. Pedro de Torroja, y al capítulo de S. Salvador de aquella ciudad, como parte integrante del término de la Peña Aznar Lagaya, posteriormente fue término de Valderrobres.
Fuentespalda aparece poco tiempo después como un dominio señorial de Arnaldo de Fondespatla.
El 6 de Noviembre de 1255 el señorío de Fuentespalda fue renunciado en favor de Lope Guillem d'Oteiza, heredero del territorio de Valderrobres. Seguramente esta renuncia no se llevó a cabo ya que el 13 de noviembre de 1262 Arnaldo de Fuentespalda y su mujer Ermessenda, vendieron la jurisdicción al mencionado Llop Guillem y a sus sucesores por 500 maravedíes alfonsinos de oro, salvando, la propiedad particular que los vendedores poseían en la villa.
En 1270 fue concedida la Carta de población a los habitantes de Fuentespalda, y en 1295, a pesar de ser la villa una aldea de Valderrobres, les fue concedido el privilegio de tener jurados y consejeros, jurisdicción, y justicia propios.
Esta autonomía suponía de hecho la independencia respecto a Valderrobres; la falta de nombramiento de territorio propio llevará consigo.una serie de conflictos hasta mediados del S. XVI.
La iglesia de la villa a la cual había cedido el arzobispo los diezmos y primicias el año 1188, estaba administrada por un vicario el año 1279. En 1324 la iglesia de Fuentespalda estaba dedicada al Salvador. Este mismo año había, aparte de la iglesia parroquial, dos ermitas en el término, bajo las advocaciones de S. Miguel y Sta. Lucía. En 1309 se ratifica un privilegio concedido por el arzobispo de Zaragoza por el cual ni Valderrobres, ni ninguna de sus aldeas: Mazaleón, Beceite, Fuentespalda y Torre del Compte, no pagarían en adelante ningún impuesto adicional.
En 1328 Alfonso II otorgó diversos privilegios al lugar. A pesar de todo, el 31 de Mayo de 1364 Bernardo Bartomeu, lugarteniente de Alcañiz. en Valderrobres, cobró en nombre de la iglesia de Zaragoza, anticipadamente, la paga de Valderrobres y sus aldeas aprobada por la Corte de Monzón. En 1365 el recaudador de Valderrobres cobraba de Fuentespalda; 340 sueldos jaqueses, cada mes en razón de las 85 casas de la villa. En 1369 la universidad de Fuentespalda estaba en condiciones financieras precarias y el consejo de la villa contrajo una deuda de 2000 sueldo jaqueses con dos vecinos de Monroyo. En 1372 el vicario general de arzobispado declara a los vecinos de Fuentespalda que tienen tierras el término de Valderrobres obligados a pagar la primicia a la iglesia de su villa y no a la de Valderrobres como hasta entonces era costumbre.
En 1419 Fuentespalda pagaba anualmente 8000 sueldos a la iglesia. de Zaragoza en concepto de primicia, en virtud de una orden del arzobispo, hecha el año 1410, que liberaba a los pueblos de Beceite, Fuentespalda y Torre del Compte de la administración de sus primicias y garantizando Y la intervención de la mitra en caso de pleitos generados por razón de los cobramientos.
Un pleito entre Fuentespalda y Valderrobres sobre las primicias de. Las masías y los molinos, se resolvió el año 1401 por una sentencia del. Arzobispo de Zaragoza. En 1401 el pueblo disponga de herrería Comunitaria. En 1525, el Arzobispo Juan de Aragón, concedió a Fuentespalda el. uso del molino a cambio del pago de 12 sueldos jaqueses, cada año, el día . De Todos los Santos. En 1559 se hizo la partición de los términos de Fuentespalda y Valderrobres.
El 30 de mayo de1643 durante la "Guerra de los Segadores", los franceses entraron en la villa. Una placa de piedra situada en el muro de una casa al lado de la iglesia, nos recuerda este acontecimiento.